１、腦出血急性期：經顱磁治療主要通過對大腦進行磁刺激，糾正神經病變，腦出血急性期患者禁止使用，避免刺激腦部而加重腦出血。

２、體內有金屬異物：如果體內有金屬瓣膜、心臟起搏器等異物，可能含有鐵或其他具有磁性的物質，容易干擾經顱磁治療，因金屬作用容易損壞儀器，或對機體造成傷害。

３、其他禁忌證：有出血傾向、凝血功能障礙、肝腎功能衰竭、顱內感染急性期和生命體征不穩定的患者，應禁止使用經顱磁功能治療，避免在治療過程中出現出血、血壓下降等不良反應。另外，血壓、呼吸、心率波動較大，局部損傷感染、免疫力低下或有精神疾患的患者及孕婦，也應禁止使用經顱磁功能，防止儀器刺激大腦而造成不必要的損害。

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